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1997年，日本冲绳海域出现奇怪有毒生物，这是古代文明尼拉伊卡奈为治理环境污染创造却失控的怪兽达哥拉即将复活的前兆。埃利亚斯姐妹赶到石垣岛，与守护传说生物果果的当地少女、争夺秘宝的黑妖精贝尔贝拉和偷猎者各自组队出海。在果果带领下，尼拉伊卡奈遗迹金字塔浮现，达哥拉登陆肆虐，魔斯拉出战不敌被拖入海中。少女们最终找到秘宝，帮助魔斯拉重生变身击败达哥拉。
豆瓣7.0分，3331人评价——这个分数在平成魔斯拉系列中不算亮眼，但作为田中友幸监制的最后一部怪兽电影，《摩斯拉2海底大决战》有其独特的历史坐标。海洋污染与古代文明失控的设定直接切入环保议题，比同期许多特摄片更敢触碰现实。魔斯拉首次变身彩虹魔斯拉与水中魔斯拉的设计，特摄打斗完成度确实高，尤其是水中战的光影处理，至今看来仍有冲击力。但文戏节奏是硬伤。满岛光等年轻演员的表演虽受好评，却撑不起冗长的寻宝段落。黑妖精贝尔贝拉和偷猎者的动机单薄，更像工具人。普通观众觉得平淡并不冤枉——片中少女们反复念叨“果果”“秘宝”，却缺乏真正的情感张力。有趣的是，主题歌《NOW AND FOREVER》由满岛光所属的Folder演唱，三浦大知也在此组合。这种偶像跨界的痕迹，反而让电影带上了90年代特有的青春气息。田中友幸的告别作，选择用环保寓言包裹怪兽对战，或许正是想提醒：特摄不仅是为了打打杀杀。即便缺陷明显，它仍是系列粉不应错过的异色之作。
